Si estais hasta los mismísimos del cutreIDE de arduino, existe una solución perfecta!
AVR-Eclipse
Es un plugin de eclipse que extiende CDT (el componente de C/C++) y te integra avr-gcc (el compilador libre, el mismo que usa arduino), avrdude (para programar el chip, soporta tb el bootloader de arduino) y eclipse, el IDE de programación preferido por los niños
Para rematar el conjunto, podéis incorporar las librerias arduino a vuestros proyectos escritos en C, pero esto ya lo dejo para otro post :P